Die fenaco bildet zusammen mit den Mitgliedern, den LANDI, einen Genossenschaftsverband nach Schweizer Recht mit Sitz in Bern. Die Tochterfirmen der fenaco sind grösstenteils als Aktiengesellschaften ausgestaltet. Als zentrale Gremien bestimmen der Verwaltungsrat und die Geschäftsleitung die Geschicke der fenaco.

Am 31. Dezember 2021 zählte die fenaco Genossenschaft 165 Mitglieder (überwiegend LANDI), davon 145 mit Geschäftstätigkeit. Diese Mitglieder wiederum sind in den Händen von gut 43 000 Einzelmitgliedern, davon über 23 000 aktive Schweizer Bäuerinnen und Bauern. Die Mitgliedschaft bei der fenaco steht Genossenschaften und anderen juristischen Personen offen, die den gleichen oder einen sinngemässen Zweck wie die fenaco verfolgen.