Die fenaco bildet zusammen mit den Mitgliedern, den LANDI, einen Genossenschaftsverband nach Schweizer Recht mit Sitz in Bern. Die Tochterfirmen der fenaco sind grösstenteils als Aktiengesellschaften ausgestaltet. Als zentrale Gremien bestimmen der Verwaltungsrat und die Geschäftsleitung die Geschicke der fenaco.

Am 31. Dezember 2022 zählte die fenaco Genossenschaft 153 Mitglieder (überwiegend LANDI), davon 137 mit Geschäftstätigkeit. Diese Mitglieder wiederum sind in den Händen von 41 515 Einzelmitgliedern, mehrheitlich Bäuerinnen und Bauern. Die Mitgliedschaft bei der fenaco steht Genossenschaften und anderen juristischen Personen offen, die den gleichen oder einen sinngemässen Zweck wie die fenaco verfolgen.