Die Mitglieder der Verwaltung der fenaco Genossenschaft werden auf Vorschlag der jeweiligen Region berufen, externe Mitglieder werden überregional von der Verwaltung rekrutiert. Die Landwirtinnen und Landwirte der Mitgliedgenossenschaft haben die Mehrheit der Sitze in der Verwaltung, auch der Präsident hat ein aktiver Bauer zu sein. Damit ist sichergestellt, dass die fenaco stets den Blick auf den Nutzen seiner Mitglieder richtet und dem genossenschaftlichen Auftrag nachkommt.

Die Mitglieder der Verwaltung werden durch die Delegiertenversammlung für eine Amtsdauer von vier Jahren gewählt. Die Verwaltung der fenaco Genossenschaft besteht aus Landwirten bzw. einer Landwirtin, Präsidenten und Mitgliedern der Verwaltung LANDI, amtierenden Mitgliedern der Geschäftsleitung LANDI sowie Externen. Somit ist sichergestellt, dass die Mitglieder der Verwaltung einen engen fachlichen Bezug zur Geschäftstätigkeit und einen persönlichen Bezug zur Trägerschaft pflegen. Der Verwaltung gehört kein exekutives Mitglied der fenaco an.

An den monatlich stattfindenden Verwaltungssitzungen orientiert sich das Gremium in Anwesenheit der Geschäftsleitung über die Unternehmensentwicklung und trifft Entscheide zu Geschäften, welche in seinen Kompetenzbereich fallen.