Die Mitglieder der Verwaltung der fenaco Genossenschaft werden auf Vorschlag der jeweiligen Region in der Regel aus dem Regionalausschuss berufen, externe Mitglieder werden überregional von der Verwaltung rekrutiert. Die Mehrheit der Mitglieder haben gemäss Statuten Landwirte zu sein.
Die Mitglieder der Verwaltung werden durch die Delegiertenversammlung für eine Amtsdauer von vier Jahren gewählt. Die Verwaltung der fenaco Genossenschaft besteht aus Landwirten, Präsidenten und Mitgliedern der Verwaltung LANDI, amtierenden Mitgliedern der Geschäftsleitung LANDI sowie Externen. Somit ist sichergestellt, dass die Mitglieder der Verwaltung einen engen fachlichen Bezug zur Geschäftstätigkeit und einen persönlichen Bezug zur Trägerschaft pflegen. Der Verwaltung gehört kein exekutives Mitglied der fenaco an.
An den monatlich stattfindenden Verwaltungssitzungen orientiert sich das Gremium in Anwesenheit der Geschäftsleitung über die Unternehmensentwicklung und trifft Entscheide zu Geschäften, welche in seinen Kompetenzbereich fallen.
